Chaque calque peut être doté d'un masque de transparence, appelé masque de calque. Un masque de calque à la même taille et le même nombre de pixels que le calque auquel il est associé, chaque pixel du masque peut donc être associé à un pixel situé à la même position dans le calque. Le masque est composé uniquement de pixels en tons de gris qui s'étalent sur une échelle de valeur de 0 à 255. Les pixels à O sont noirs et ils donnent une transparence totale au pixel associé dans le calque. Les pixels à 255 sont blanc et ils donnent une opacité totale au pixel associé dans le calque.

Pour créer un masque, commencez par cliquer-droit sur un calque pour faire apparaitre le menu contextuel et choisissez Ajouter un masque de calque dans le menu. Si l'entrée du menu est grisée il faut commencer par choisir Ajouter un canal Alpha dans ce même menu. Un dialogue apparait, il permet d'initialiser le contenu du masque :

• Blanc : le masque n'a aucun effet, tous les pixels du calque sont pleinenent visibles.
• Noir : le masque donne une transparence totale au calque qui devient invisible.
• Canal Alpha : le masque est initialisé en fonction du contenu du canal Alpha du calque. Si le calque contient déjà de la transparence, elle est recopiée dans le masque.
• Sélection : le masque est initialisé en fonction de la valeur des pixels contenus dans la sélection.
• Copie du calque en niveau de gris : le masque est initialisé en fonction de la valeur des pixels contenus dans le calque.

Une fois que le masque est créé il est représenté par une vignette à droite de la vignette du calque. En cliquant alternativement sur la vignette du calque puis du masque vous rendez actif soit l'un, soit l'autre. L'élément actif est indiqué par un contour blanc (qui ne se voit pas franchement autour d'un calque ou d'un masque remplit de blanc). Pour afficher le contenu du masque plutôt que son effet dans la fenêtre d'image appuyez sur Ctrl Alt puis sur la vignette du masque. Pour revenir à la vision normale, recommencez l'opération précédente.

Le masque de calque agit comme un masque de transparence sur un calque particulier. Dès lors que vous avez plusieurs calques, il devient différent du canal Alpha de l'image qui représente la transparence appliquée sur l'ensemble de l'image.